2 February 2008

Update zur Design-Challenge.

Wie enttäuschend.

Zunächst mal die Auflösung: Die Sequenzen stammten alle aus dem von Craig Venter synthetisiertem Mycoplasma genitalium Genom [Gibson et al. (2008). Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science. DOI: 10.1126/science.1151721]. Bei der Synthese des Genoms haben die Forscher ein paar "Watermarks" eingebaut, DNA-Sequenzen, die, wenn in eine Protein-Sequenz übersetzt, "Worte" ergeben.
Ich habe mir die Sequenzen nicht selbst angeschaut, andere waren da rühriger. Aus einem der Kommentare zu der "Challenge" auf The Panda's Thumb:
1) Sequences 1, 4 and 5 are intelligently designed by Dr Craig Venter’s group (all humans I presume)

2) The virtual ribosome was used with all six reading frames. Sequence 1, 4 and 5 contained the following amino acid sequences.

Sequence 1: Reading frame 1 of the original sequence: GTAGAAAACACCGAACGAATTAATTCTACGATTACC = CRAIGVENTER

Sequence 4: Reading frame 2 of the original sequence: GTAGAAAACACCGAACGAATTAATTCTACGATTACC = VENTERINSTIT

Sequence 5: Reading frame 3 of the original sequence: TGCATAAACGACATCGCTAATGACTGTCTTTATGATGAA = CINDIANDCLYDE

In order to make sure these amino acid sequences did not contain homologous,BLAST was used (Blastp) to look for similar sequences. None were found.

3) Sequence 1: TGTCGTGCAATTGGAGTAGAGAACACAGAACGA The sequence that was designed was inserted between a putative lipoprotein and a ptsG PTS system, glucose-specific IIABC component.

Sequence 4: GTAGAAAACACCGAACGAATTAATTCTACGATTACC The sequence that was designed was inserted between a metallo-beta-lactamase superfamily protein and an rRNA-16S ribosomal RNA.

Sequence 5: TGCATAAACGACATCGCTAATGACTGTCTTTATGATGAA The sequence that was designed was inserted between a putative lipoprotein and DNA polymerase III, alpha subunit.

None of the designed sequences appear to have any relationship to a functional protein. The other sequences have 100% homologies to naturally occurring organisms (see above).
Ein Kommentator auf UD ist auch darauf gekommen und hat damit bewiesen, dass er Wired liest (wo die "Watermark"-Geschichte veröffentlicht wurde...).

Ansonsten, wie sparc in seinem Kommentar zu meinem ursprünglichen Post schon richtig festgestellt hat, ist man sich auf UD nur darüber einig, dass die Challenge gemein ist. Niemand hat auch nur versucht, den Dembskis "Explanatory Filter" anzuwenden, worauf ich eigentlich gehofft hatte.

Was meiner Meinung nach das interessanter an der Challenge war, ist, dass sie aufzeigt, wo der (oder jedenfalls ein) Haken mit ID liegt. Um die designten Sequenzen zu entdecken, hilft es nicht zu unterscheiden, ob sie eine Funktion haben oder nicht. Man kann natürlich sagen, die Sequenzen, die Venters Wasserzeichen enthalten, haben einen Zweck (Copyright oder Angabe, oder beides), aber der hilft überhaupt nicht dabei, diese Sequenzen zu identifizieren, jedenfalls nicht, wenn man nicht von vorneherein einen Designer voraussetzt. Mehr noch, man muss Informationen über den Designer haben, um die Sequenzen zu identifizieren (z. B. muss man wissen, dass CRAIGVENTER ein Name ist).
Man kann natürlich auch sagen, die Fragestellung ist schon deswegen falsch, weil man damit voraussetzt, dass die anderen Sequenzen *nicht* designt sind, aber ich denke, genau darauf zielte diese Veranstaltung ab:
Es ist nicht möglich, zwischen designt und nicht designt zu unterscheiden, wenn man keine weiteren Informationen über die Methoden des Designers hat.

Ich poste ein Update, wenn sich noch was tut.

MfG,
JLT

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