17 June 2007

Keine Buch-Besprechung.

"Nur wer's wirklich liest, sollte mitreden..." ist der Titel eines Blogbeitrages auf Evolution & Schöpfung und die Rede ist von Behes neuem Buch, "The Edge of Evolution". Was eine Buch-Besprechung angeht, hat der Autor sicher Recht, auch wenn man sich anhand der Kritiken zu Behes Buch auch schon eine Meinung bilden kann [Die Links sind zu einigen der nettesten, besonders empfehlenswert ist die von Jerry Coyne. Auf Science After Sunclipse gab's eine Linkliste zu allen Kritiken, die momentan nicht online ist, aber möglicherweise wird gerade dran gearbeitet]. UPDATE 22.06.07: Die Linkliste ist wieder online.

Aber diese Aussage lässt sich auf viel mehr beziehen als nur auf Bücher, es passt auch ganz gut auf Zitate, besonders, wenn Evolutionsbiologen o. ä. von den Leuten auf Uncommon Descent zitiert werden.
Carroll writes:
pyrimethamine resistance in malarial parasites (6)–a notable omission given Behe’s extensive discussion of malarial drug resistance

Carroll argues Behe omitted mention of pyrimethamine resistance! But what did Mike actually write? He did not omit mention of pyrimethamine resistance:
One successor drug is called pyrimethamine. Interestingly, malaria can counter it with a single amino acid substitution. That single amino acid change makes malaria one hundred times more resistant to the drug.
Bei Evolution & Schöpfung kommentiert man dies so:
Nur ein kleiner Fehler? Oder eine Sache, die gerne passiert, wenn Leute unbedingt als unglaubwürdig hingestellt werden sollen?
Schauen wir uns doch mal das Original an, Sean Carrolls Buchbesprechung in Science [8 June 2007: Vol. 316. no. 5830, pp. 1427 - 1428].
Behe begrudgingly allows that only "rarely, several mutations can sequentially add to each other to improve an organism's chances of survival." Rarely? This, of course, is the everyday stuff of evolution. Examples of cumulative selection changing multiple sites in evolving proteins include tetrodotoxin resistance in snakes (3), the tuning of color vision in animals (4), cefotaxime antibiotic resistance in bacteria (5), and pyrimethamine resistance in malarial parasites (6)--a notable omission given Behe's extensive discussion of malarial drugresistance.

Hmmmm. "Examples of cumulative selection changing multiple sites in evolving proteins include [...] pyrimethamine resistance in malarial parasites --a notable omission given Behe's extensive discussion of malarial drugresistance".

Das hört sich doch für mich so an, als kritisiere Sean Carroll Behes Auslassung der Tatsache, dass verschiedene Stellen der Aminosäuresequenz gleichzeitig Selektion unterworfen sein können und sich einzelne Veränderungen der Aminosäuresequenz, die für sich alleine möglicherweise nur eine geringe Auswirkung auf die Resistenz gegen einen Wirkstoff haben, auch anhäufen können*, und nicht etwa, dass Behe die Resistenz gegen Pyrimethamin nicht erwähnen würde. Oder ist da mein Leseverständnis nicht ausreichend... ich glaube, eher nicht. Ich würde vielmehr sagen, dies ist ein weiterer Fall von Quote mining, "die gerne passiert, wenn Leute unbedingt als unglaubwürdig hingestellt werden sollen."

MfG,
JLT


* Genau das ist u. a. auch für die Pyrimethamin-Resistenz von Malaria-Parasiten nachgewiesen worden. Aus dem PNAS-Artikel, den Carroll als (6) zitiert:
We describe here thirteen mutants of the pfDHFR domain which contain one to four of the point mutations at residues 16, 51, 59, 108, and 164 found in nature, and include all mutations reported in Pyr- and Cyc-resistant field isolates of P. falciparum. The seven mutants with direct counterparts in antifolate-resistant malaria included one single mutant, three double mutants, two triple mutants, and one quadruple mutant; the remaining six mutants have not been found in parasites and were produced as intermediates leading to the naturally occurring mutants (Table 2).
[Anm.: Das Malaria-Medikament Pyrimethamin (Pyr) hemmt das Enzym Dihydrofolat-Reduktase (DHFR) in Malaria-Parasiten. Einzelne Veränderungen bzw. verschiedene Kombinationen einzelner Veränderungen der Aminosäuresequenz dieses Enzyms schränken die hemmende Wirkung von Pyr auf DHFR unterschiedlich stark ein. Die sog. Antifolat-Resistenz ist mittlerweile so weit in Malaria-Parasiten verbreitet, dass die Wirksamkeit von Pyr stark eingeschränkt ist. Cycloguanil (Cyc) ist ein weiterer DHFR-Inhibitor, der zur Malaria-Behandlung eingesetzt wird und in diesem Artikel parallel zu Pyr untersucht wurde.]



UPDATE 21.06.07

Markus Rammerstorfer hat ein Follow-Up geschrieben.

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8 June 2007

Ned Flanders geht ins Naturkundemuseum.





Ah, die Simpsons. Habe ich während meines Studiums fast täglich gesehen. Wusste gar nicht, dass die jetzt auf Reality-TV umgestiegen sind...

Zwei weitere "lehrreiche" Simpsons-Clips gibt's bei OmniBrain, wo ich auch diesen entdeckt habe.

MfG,
JLT

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7 June 2007

Erics Gottesbeweis.

Auf SpiegelOnline gibt es eine Geschichte über einen Mann, der unter einem umgefallenen Baum eingeklemmt war und der sich, nachdem er mit seinem Handy keinen Empfang bekommen konnte und über 10 Stunden vergeblich um Hilfe gerufen hatte, mit einem Taschenmesser ein Bein am Unterschenkel amputiert hat (ich schwöre, dass ich im allgemeinen solche Geschichten nicht lese...). Erst einige Stunden später ist er dann von jemandem (Eric) gefunden worden. Und was sagt unser Eric dazu?

"An diesem Tag waren nur ich, Al [Anm.: der sich das Bein amputiert hat] und Gott in diesem Wald."

BWAHAHAHA! Das wird Al wohl ein bisschen anders sehen...

Dieser Eric hat jedenfalls schon eine komische Vorstellung von seinem "Gott": Der lässt erst einen Baum auf den armen Al fallen, dann stört "Er" den Handy-Empfang, "Er" lässt zu, dass sich Al ein Bein amputiert und DANN schickt "Er" ihm jemanden, der ihn finden kann - für mich hört sich das eher nach jemandem mit einem ganz miesen Sinn für Humor an.

MfG,
JLT

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Wie bizarr.

Ich habe ja momentan Urlaub und mein eigenes Laptop nicht dabei (bei max. 15 kg, die Ryanair, diese Verbrecher, als Gepäck erlauben - wenn man nicht bereit ist, 8 Euro pro zusätzlichem Kilo zu bezahlen - ist (m)ein Laptop ein Fünftel bis ein Viertel des erlaubten Gewichts). Da ich dementsprechend nicht auf meine Lesezeichen zugreifen kann, habe ich gerade eine Google-Suche durchgeführt, um die Discovery Institute Evolution News & Views zu finden. Meine Suche: "discovery institute evolution news".

Und was ist der erste Treffer? Vor der tatsächlichen DI Evolution News & Views-Site? *Evil Under the Sun*-Posts mit "Discovery Institute" als Tag.
Wie kommt das denn zustande? Kann mir nochmal jemand kurz die Methode erklären, nach der Google das Pageranking durchführt?

Google selbst schreibt dazu:
PageRank relies on the uniquely democratic nature of the web by using its vast link structure as an indicator of an individual page's value. In essence, Google interprets a link from page A to page B as a vote, by page A, for page B. But, Google looks at considerably more than the sheer volume of votes, or links a page receives; for example, it also analyzes the page that casts the vote. Votes cast by pages that are themselves "important" weigh more heavily and help to make other pages "important." Using these and other factors, Google provides its views on pages' relative importance.

Of course, important pages mean nothing to you if they don't match your query. So, Google combines PageRank with sophisticated text-matching techniques to find pages that are both important and relevant to your search. Google goes far beyond the number of times a term appears on a page and examines dozens of aspects of the page's content (and the content of the pages linking to it) to determine if it's a good match for your query.
Heh. Ich kann nicht behaupten, dass mir der Gedanke nicht gefiele, mein Blog wäre wichtiger als die Evolution News & Views-Site vom DI. Der Inhalt meines Blogs hat jedenfalls mehr mit der Realität zu tun als das, was da so veröffentlicht wird. Aber meine Fähigkeit zum Selbstbetrug ist nicht so weit ausgebildet zu glauben, dass es tatsächlich so *ist*, jedenfalls im Sinne von: was wollen Leute finden, die diese Suchbegriffe eingeben. Mal ganz abgesehen davon, dass weit mehr Sites auf deren News & Views verweisen als auf mich.

Ist mir völlig schleierhaft. Völlig. Amüsiert mich natürlich trotzdem.

MfG,
JLT


Nachtrag: Die New York Times hat einen interessanten Artikel über die Google-Suche. Ich weiß zwar immer noch nicht, warum das Suchergebnis so aussieht, aber dafür etwas mehr darüber, was so alles von Google in die Suche einbezogen wird. Schon beeindruckend.

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Aber frag mich nicht, wozu das gut ist.

Wie abgefahren ist das? Menschen können tatsächlich die Polarisation von Licht wahrnehmen, wenn sie durch einen Polarisationsfilter schauen. Der Effekt wird Haidinger's Brush (Haidinger Büschel, im Bild links übertrieben groß und deutlich dargestellt; Bild-Quelle: Wikipedia) genannt.
Haidinger's brush is an entoptic phenomenon first described by Austrian physicist Wilhelm Karl von Haidinger in 1844.

Many people are able to perceive polarization of light. It may be seen as a yellowish horizontal bar or bow-tie shape (with "fuzzy" ends, hence the name "brush") visible in the center of the visual field against the blue sky viewed while facing away from the sun, or on any bright background when looking through polarized sunglasses. The direction of light polarization is perpendicular to the yellow bar (i.e. vertical if the bar is horizontal). Fainter bluish or purplish areas may be visible between the yellow brushes (see illustration). Haidinger's brush may also be seen by looking at a white area on many flat panel computer screens, in which case it is often diagonal.
[Quelle: Wikipedia]

Um es auf einem Computer-Bildschirm (LCD) zu sehen, muss man nur auf eine weiße Fläche schauen und langsam den Kopf zur Seite neigen (die Bewegung des "Büschels" erleichtert das Sehen).
To see Haidinger's brush, start by using a polarizer, such as a lens from a pair of polarizing sunglasses. Gaze at an evenly lit, textureless surface through the lens and rotate the polarizer.

You can instead use the polarizer that is built into a computer's LCD screen: simply look at a white area on the screen, and slowly tilt your head (a CRT monitor does not involve a polarizer, so it will not work for this purpose unless you look through a separate polarizer).
[Quelle: Wikipedia]

Wenn man es erstmal entdeckt hat, kann man kaum glauben, dass man es vorher nie gesehen hat. Geht mir jedenfalls so (habe gerade 5 Minuten lang in völliger Begeisterung den Kopf von einer Seite zur anderen neigend auf meinen Laptop-Monitor gestarrt - hoffentlich hat mich niemand gesehen...).

MfG,
JLT

[via diesem Kommentar zu diesem interessanten Post über "Cephalopod camouflage, or: turning invisible is easier than it looks".]

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2 June 2007

Urlaub!

Jippieeh, Urlaub! Zwar nur 10 Tage, und es geht auch nicht in die Karibik, aber immerhin nach Berlin, ein paar Freunde treffen, und zu meinen Eltern. UND eine Abi-Jubiläumsparty mit noch mehr und noch älteren Freunden.
Ich werde Urlaub brauchen, wenn ich wieder hier bin...

Die Post-Frequenz wird dementsprechend in den nächsten paar Tagen stark rückläufig sein, nur um Mitte der darauffolgenden Woche wieder zu alter Frische anzusteigen.

MfG,
JLT

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1 June 2007

Heute schon mit Galileo verglichen?

Ein großartiges Post gibt's auf denialism blog: 'Crank HOWTO'.

Who wants to know how to be an effective crank?

Well, I've outlined what I think are the critical components of successful crankiness. Ideally, this will serve as a guide to those of you who want to come up with a stupid idea, and then defend it against all evidence to the contrary.

SEHR amüsant!!!! Und versucht erst gar nicht, mir da zu widersprechen, kritische Kommentare werden sofort gelöscht.

MfG,
JLT

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Aber Ringu Tulku als Name hat schon was.

Jetzt geht's aber los. Gerade bekomme ich die folgende Email von einer Professorin für Chemie an der hiesigen Universität [Ausschnitt]:
The eminent Tibetan Buddhist teacher, Ringu Tulku Rinpoche, will deliver a free public lecture entitled "The Buddhist Approach to Mental and Emotional Health" [...]

Ringu Tulku is particularly interested in the interplay between modern Science and Buddhism - two of the world's most fruitful traditions for understanding the nature of reality and promoting human well-being. The Buddhist meditative tradition has a vast store of experiential knowledge of the human mind in all its aspects and the teachings on mental and emotional health in this free public lecture, will no doubt be very welcome and timely.
Pardon? Wissenschaft ist eine Tradition "for understanding the nature of reality and promoting human well-being"? Ich würde mal sagen, Wissenschaft ist die einzige reelle Methode, die Natur zu verstehen, um mal die Wortwahl beizubehalten...
Was zum Geier sollte Buddhismus mit Wissenschaft zu tun haben? Und was sollen die anderen dieser offenbar ungezählten Traditionen sein, nur mal so Interesse halber?

"Experiential knowledge of the human mind", wenn ich das schon höre. Ich bevorzuge experimental knowledge...

MfG,
JLT


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Wie man an den Zähnen von T. rex Wissenschaftler von Kreationisten unterscheiden kann.

Auf Northstate Science habe ich dieses Post entdeckt, das ich gleich doppelt bemerkenswert finde.
Zunächst mal enthält das Post eine meiner Meinung nach umfassende Widerlegung der Behauptung, T. rex wäre zu irgendeinem Zeitpunkt Vegetarier gewesen. Was ich aber wirklich interessant an diesem Post finde, ist Christopher O'Briens Bemerkungen zum Unterschied zwischen Wissenschaft und Kreationismus, oder wie ich es eher bezeichnen würde, zwischen einer wissenschaftlichen und einer nicht-wissenschaftlichen/kreationistischen "Geisteshaltung".

O'Brien beschreibt, wie er auf einige kritische Kommentare zu einem früheren Post von ihm, über Dinosaurier-Zähne und was sie über die bevorzugte Nahrung aussagen, reagiert hat.
Certainly the responses to these observations are important, but that is not what prompted me to write this post. What really intrigued me was the process I engaged in while obtaining the information. It is the process of discovery that, as much as the answers, serves to radically distinguish science from creationism in all its forms. As I said, my reader raised several issues that, on face value, would be sufficient for most people to stop and wonder if Ham and AIG weren’t at least raising a legitimate issue. For Ham, AIG, and on a different level, the intelligent design advocates, inquiry would completely cease at this point. See, O’Brien is wrong: polar bear teeth are hardly different from other bear teeth and they exclusively eat meat… [Anm.: wohingegen sich viele andere Bärenarten zu unterschiedlich großen Anteilen auch von Pflanzen ernähren] hence it is possible that tyrannosaurs ate vegetation at one time. Here, the entire goal is accomplished: raise reasonable doubt with the general populace at large.

But science follows a completely different process. Upon reading the phrase “polar bear teeth are hardly different from other bears” the first thing I did was ask myself, “is that true?” and reach for a book on mammalian anatomy; and I did it so sub-consciously and automatically that the significance of the act did not become apparent until a few hours later. Scientists constantly question whether their data (and others') are correct…it’s ingrained as part of the process. The same cannot be said for creationists. [...]
Und weiter:
On the heels of an automatic question when being confronted with a new “observation” also came an automatic mental prediction (also an inherent part of science but not of creationism or intelligent design): IF tooth morphology is largely explained by diet, THEN another species of bear with a radically different diet should also exhibit radically different tooth morphology from other bears.

Tatsächlich mache ich das (meistens) genauso und in gewisser Weise ist diese meine Handlungsweise und der totale Gegensatz zur Handlungsweise von Kreationisten et al. das, was einen nicht unbeträchtlichen Teil meiner Faszination mit diesem Thema ausmacht.

In diesem Post: 'Na klar, Genfood verursacht AIDS. Und Hüte aus Alufolie schützen vor Gedankenspionage durch Außerirdische' habe ich mir unter anderem die Behauptung einer Person vorgenommen, Genfood verursache AIDS.
Mal ganz abgesehen davon, dass ich auch aus ganz anderen Gründen davon überzeugt bin, dass HIV AIDS verursacht und nicht Genfood, kam mir damals als erstes Folgendes in den Sinn: Damit das überhaupt möglich wäre, müsste es zu dem Zeitpunkt des ersten Auftretens von AIDS schon Genfood in nennenswertem Umfang gegeben haben.

Gab's aber nicht [siehe mein Post].

Wie kommt es, dass die Person, die dies behauptet, nicht ein Mal überprüft hat, ob dieser Zusammenhang überhaupt möglich ist? Das ist mir unbegreiflich.

Mich würde übrigens keinesfalls überraschen, wenn diese Person weiterhin, trotz der aufgezeigten Unmöglichkeit des Zusammenhangs "Genfood – AIDS", an seiner/ihrer irrigen Auffassung festhalten würde. Im Zweifel würde er wahrscheinlich eher eine Verschwörungstheorie entwickeln ("Es wurde schon vorher heimlich genveränderte Lebensmittel angeboten, im Rahmen eines groß angelegten Versuchs an Menschen, den die Saatmittelindustrie vor der offiziellen Einführung durchgeführt hat. Möglicherweise hat sie einige hochrangige Mitglieder der Regierung bestochen, um das tun zu können." – wäre eine Idee, eine andere "Außerirdische haben schon 1947 in einer groß angelegten Aktion gentechnisch veränderte Pflanzen in Amerika ausgesät (eins der beteiligten Saat-UFOs ist in Roswell abgestürzt).") als von dieser Meinung abzurücken, was ich sogar noch unbegreiflicher finde.

Das ist etwas, was O'Brien nicht erwähnt, aber meiner Meinung nach einen weiteren Unterschied in der Geisteshaltung ausmacht:
Die grundlegende Bereitschaft eines Wissenschaftlers, seine Auffassung zu ändern, wenn die Fakten gegen sie sprechen, und dem gegenüber die grundlegende Bereitschaft von Kreationisten et al., die Fakten zu ignorieren, wenn sie seiner Auffassung widersprechen....

Das ist möglicherweise aber auch so offensichtlich, dass er es einer gesonderten Erwähnung nicht für wert gehalten hat.

MfG,
JLT

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Eins rechts, eins links, eins fallen lassen.

Das finde ich doch mal ausgesprochen gut. Eine Seite mit Strickmustern, auf der - ganz nebenbei - noch ein wenig Paläontologie untergebracht wurde. Geht nicht? Geht doch. Wenn eine Bioinformatikerin entscheidet, ein Strickmuster für Ammoniten zu entwerfen.

Dieser Fund (via tiefes Leben, wo es auch noch etwas ernster gemeinte Rekonstruktionen von Ammoniten zu sehen gibt und darüber hinaus auch noch ein interessantes Post über Urbilateria), hat mich dazu inspiriert, nach weiteren Strickmustern ausgestorbener Tiere zu suchen. Im Zusammenhang mit Ammoniten habe ich noch passend ein Strickmuster für einen Trilobiten gefunden. Leider keine weiteren Informationen, bedauerlich (die gibt's z. B. hier: A Guide to the Orders of Trilobites).


Dann hat jemand tatsächlich versucht, einen T. rex zu stricken.

Naja, sieht für mich eher wie ein Argument gegen Gentechnik aus (und warum ein rosa-farbenes Bein?), aber ich will mal nicht zu kritisch sein. Das einzige, das ich stricken könnte, wäre ein Schal. Hmm, wenn ich die Seiten zusammen nähen würde, konnte ich es vielleicht als Nematode verkaufen...

MfG,
JLT

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