5 July 2007

Nichts für empfindliche Gemüter.

Ich kann keine dieser Talkshows sehen, wie sie - jedenfalls vor ein paar Jahren noch - nachmittags auf RTL laufen, à la "Ich habe meinen Mann mit der Tochter seines besten Freundes betrogen" und Arabella Kiesbauer "moderiert" dann, wie sich alle Beteiligten gegenseitig anschreien. Schuld daran (nicht, dass ich darüber besonders traurig bin) ist ein schwerwiegendes Fremdschäm-Syndrom: Ich kann einfach nicht hinschauen, wenn sich jemand blamiert. Entweder muss ich den Raum verlassen oder wegschalten. Es ist ein fast körperlicher Schmerz.
So ähnlich hat es sich auch angefühlt als ich THE BEAST FUCKS A HAPLESS CREATIONIST gelesen habe, ein "Bericht" über die Eröffnung des Creation "Museums" von Ken Ham. Es ist schrecklich. Es ist fies. Es ist völlig und total politisch inkorrekt.

Zwei Leute geben bei der Eröffnung des "Creation Museums" von Ken Ham vor, ein geistig Behinderter und sein Betreuer zu sein. Schlimmer noch, sie haben sich freien Eintritt verschafft UND mit Ken Ham ein "Interview" geführt ['Ken Ham vs. retard' auf YouTube; ich konnte es mir nicht anschauen, mein Fremdschäm-Syndrom verbietet das], in dem sie vorgaben, von einer Zeitung zu kommen (The Special Times).

Es ist aber schon auch irgendwie lustig, auf eine leicht kranke, hysterische Art und Weise...
Aber beschwere sich hinterher keiner, ich hätte Euch nicht gewarnt.

MfG,
JLT

P.S.: Jason Rosenhouse [EvolutionBlog] hat einen Rundgang durch das "Museum" gemacht und hat seine Eindrücke in mehreren Posts zusammen gefasst [Teil 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8].

[via denialism blog]

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"Tatsächlich gibt es ja auf dem ID-(=Kreationismus)-Feld seit Paley nichts neues."

Hahaha.

Sparc [molecular B(io)LOG(y)] hat eine sehr schöne Analyse der News-Postingfrequenz des Intelligent Design Undergraduate Research Center (IDURC) gepostet. Ich habe dadurch angeregt selbst noch eine eingehende Analyse durchgeführt und nach mehrfacher unabhängiger Verifikation noch einen weiteren Datenpunkt eingearbeitet.

MfG,
JLT

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Richard Dawkins Rezension.

Thomas hat mich netterweise in einem Kommentar darauf aufmerksam gemacht, dass Richard Dawkins Rezension von Behes Buch "The Edge of Evolution" (ursprünglich in der New York Times erschienen) jetzt frei erhältlich ist.

Im Grunde hat Dawkins keine Rezension von Behes neuem Buch geschrieben, sondern eine zu Behes ID-Auffassung generell. Er kritisiert die falsche Dichotomie, die Behe (und mit ihm die meisten anderen ID-Vertreter aufmachen, nach dem Motto, wenn die Evolutionstheorie falsch ist, muss ID richtig sein. Dawkins schreibt dazu:
We now hear less about "irreducible complexity," with good reason. In "Darwin's Black Box," Behe simply asserted without justification that particular biological structures (like the bacterial flagellum, the tiny propeller by which bacteria swim) needed all their parts to be in place before they would work, and therefore could not have evolved incrementally. This style of argument remains as unconvincing as when Darwin himself anticipated it. It commits the logical error of arguing by default. Two rival theories, A and B, are set up. Theory A explains loads of facts and is supported by mountains of evidence. Theory B has no supporting evidence, nor is any attempt made to find any. Now a single little fact is discovered, which A allegedly can't explain. Without even asking whether B can explain it, the default conclusion is fallaciously drawn: B must be correct. Incidentally, further research usually reveals that A can explain the phenomenon after all: thus the biologist Kenneth R. Miller (a believing Christian who testified for the other side in the Dover trial) beautifully showed how the bacterial flagellar motor could evolve via known functional intermediates.

Wenn er dann doch auf "The Edge" eingeht, hört sich das so an:

But let's follow Behe down his solitary garden path and see where his overrating of random mutation leads him. He thinks there are not enough mutations to allow the full range of evolution we observe. There is an "edge," beyond which God must step in to help. Selection of random mutation may explain the malarial parasite's resistance to chloroquine, but only because such micro-organisms have huge populations and short life cycles. A fortiori, for Behe, evolution of large, complex creatures with smaller populations and longer generations will fail, starved of mutational raw materials.

If mutation, rather than selection, really limited evolutionary change, this should be true for artificial no less than natural selection. Domestic breeding relies upon exactly the same pool of mutational variation as natural selection. Now, if you sought an experimental test of Behe's theory, what would you do? You'd take a wild species, say a wolf that hunts caribou by long pursuit, and apply selection experimentally to see if you could breed, say, a dogged little wolf that chivies rabbits underground: let's call it a Jack Russell terrier. Or how about an adorable, fluffy pet wolf called, for the sake of argument, a Pekingese? Or a heavyset, thick-coated wolf, strong enough to carry a cask of brandy, that thrives in Alpine passes and might be named after one of them, the St. Bernard? Behe has to predict that you'd wait till hell freezes over, but the necessary mutations would not be forthcoming. Your wolves would stubbornly remain unchanged. Dogs are a mathematical impossibility.

Dawkins selbst geht im Weiteren auf mögliche Einwände von IDlern gegen dieses Beispiel ein, aber ich möchte an dieser Stelle lieber Thomas' Einwand beantworten.
Das Hunde-Beispiel wird einen aufrechten ID-ler oder gar Kreationisten nicht überzeugen: Mikroevolution innerhalb eines Grundtyps wird schon seit Darwins Zeiten anerkannt.

Auch wenn ich von Lönnigs 'Gesetz der rekurrenten Variation' nichts halte, gehe ich doch davon aus, dass Dawkins etwas zu optimistisch ist, was die Möglichkeiten der künstlichen Auslese anbelangt. Soweit ich informiert bin, stößt man immer an Grenzen. Was dann ins Spiel kommt (Mutationszüchtung, Einkreuzungen, 'grüne' Gentechnik), ist dann eher ein Beispiel für Design als für 'selection in the wild'.

Dawkins bringt das "Hunde-Beispiel" nicht, um (Mikro-/Makro-) Evolution oder die Macht der Selektion o. ä. zu belegen. Er bringt es einzig und allein aus einem Grund: All die genetischen Unterschiede, auf die das unterschiedliche Aussehen der verschiedenen Hunderassen zurückgehen, sind durch Mutationen entstanden. Und die, die Menschen durch Zucht in den verschiedenen Rassen fixiert haben, sind möglicherweise nur ein kleiner Bruchteil dessen, was tatsächlich an Mutationen aufgetreten sind. Zu behaupten, dass Evolution in Arten mit längerer Generationspanne und geringerer Individuenzahl als Mikroorganismen durch zu wenig "Rohmaterial" (also Variationen durch Mutationen) limitiert ist, wird dadurch ad absurdum geführt.

Er betont mehrfach und ausdrücklich, dass es ihm einzig und allein um die Mutationsrate geht (siehe auch Hervorhebungen im vorangegangenen Ausschnitt):
Don't evade the point by protesting that dog breeding is a form of intelligent design. It is (kind of), but Behe, having lost the argument over irreducible complexity, is now in his desperation making a completely different claim: that mutations are too rare to permit significant evolutionary change anyway. From Newfies to Yorkies, from Weimaraners to water spaniels, from Dalmatians to dachshunds, as I incredulously close this book I seem to hear mocking barks and deep, baying howls of derision from 500 breeds of dogs — every one descended from a timber wolf within a time frame so short as to seem, by geological standards, instantaneous.

If correct, Behe's calculations would at a stroke confound generations of mathematical geneticists, who have repeatedly shown that evolutionary rates are not limited by mutation. Single-handedly, Behe is taking on Ronald Fisher, Sewall Wright, J. B. S. Haldane, Theodosius Dobzhansky, Richard Lewontin, John Maynard Smith and hundreds of their talented co-workers and intellectual descendants. Notwithstanding the inconvenient existence of dogs, cabbages and pouter pigeons, the entire corpus of mathematical genetics, from 1930 to today, is flat wrong. Michael Behe, the disowned biochemist of Lehigh University, is the only one who has done his sums right. You think?

"Evolutionary rates are not limited by mutations" – um das zu verdeutlichen, hat er das Hunde-Beispiel gebracht.

Ich hätte es gut gefunden, wenn Dawkins noch ein bisschen mehr auf das eingegangen wäre, was Behe sagt. Hinterher muss ich tatsächlich noch selber mal einen Blick in das Buch werfen.... Da ich es aber keinesfalls kaufen möchte und es bisher in keiner Buchhandlung entdecken konnte (und beruhigenderweise auch nicht in der Uni-Bibliothek), werde ich damit wohl noch etwas warten müssen. Wir haben hier eine Second-Hand-Buchhandlung, in der man die obskursten Bücher finden kann.

MfG,
JLT

[Bild-Quellen von oben nach unten: FH Köln, snukk.de, Karin Stark]


Das erste Kapitel von "The Edge" ist online frei erhältlich (Danke für den Link, Thomas!).

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Und weiter geht's: Das Flagellum.

Wie man auf The Panda's Thumb nachlesen kann, ist gerade ein neues Kapitel in der Flagellum-Diskussion aufgeschlagen worden, in dem der umstrittene Liu & Ochman-Artikel thematisiert wird.
This just in. Current Biology has published a short dispatch piece reviewing the flagellum evolution issue:

W. Ford Doolittle and Olga Zhaxybayeva (2007). “Reducible Complexity - The Case for Bacterial Flagella.” Current Biology, 17(13), R510-R512. July 3, 2007. DOI
Ich werde, sobald ich morgen mal einen Moment Zeit habe, mal selbst eine Blick auf den Artikel werfen und eventuell ein Update mit weiteren Ausschnitten posten.

MfG, JLT



UPDATE 05.07.07:

Tja, nach Lektüre von Doolittle & Zhaxybayeva (my goodness, ich will nicht wissen, wie oft sie ihren Namen buchstabieren muss und er trotzdem falsch geschrieben wird) kann ich nur sagen, man sollte sich auf den Liu & Ochman-Artikel nicht beziehen, jedenfalls nicht in Bezug auf die Kernaussage des Artikels, dass alle Gene, die Bestandteile des Flagellums codieren, durch Duplikation und Mutation aus einem einzigen allen gemeinsamen "Vorfahren"-Gen entstanden sind.
Before Darwin, the argument from design — eloquently encapsulated in William Paley's aphorism of the watch on the heath — seemed compelling. Ever since Darwin, natural selection operating on chance variation has provided a naturalistic alternative, making it unnecessary to invoke conscious design to explain adaptation. Indeed even ID-ists accept Darwinian explanations for adaptations they deem less than irreducibly complex. So we evolutionists need not take on the impossible challenge of pinning down every detail of flagellar evolution. We need only show that such a development, involving processes and constituents not unlike those we already know and can agree upon, is feasible. The specific scenario suggested by Liu and Ochman [2] — step-by-step elaboration of a single-purpose complex structure using only duplication and divergence within a single genomic lineage — is especially onerous, and coincidentally especially vulnerable to misinterpretation by those who need to see evolution as purposive. Alternatives involving LGT [Anm.: lateral gene transfer, also die Weitergabe von genetischem Material von einer Zelle/Organismus zu einer anderen Zelle, die nicht ihr Nachkomme ist; bei Bakterien z. B. übertragen durch Bakteriophagen oder bei direktem Zell-zu-Zellkontakt], cobbling together parts with separate origins and multiple other original functions would take advantage of combinatorial, mix-and-match principles, and facilitate the evolution of complexity. So if Liu and Ochman [2] turn out to be wrong about the extent of LGT, this should be no cause for ID-ists to rejoice.

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2 July 2007

Prioritäten. Leider.

Wie der erfahrene Zwischen-den-Zeilen-Leser möglicherweise jetzt schon vermutet, muss ich mich diese Woche entschuldigen. Die Arbeit ruft. Wir haben momentan Gäste am Institut, denen ich ursprünglich nur eine Methode zeigen sollte - ein Zeitaufwand von ein paar Stündchen über die Woche verteilt. Daraus hat sich mehr oder weniger über's Wochenende ein Rundum-Sorglos-Paket entwickelt, das darin besteht, dass ich ein ausgewachsenes Experiment für sie durchführe, was etwa dreimal so viel Zeit kostet wie das ursprünglich geplante. Natürlich zusätzlich zu meinem eigenen Kram.
Ich bin nicht wirklich begeistert.

Und dann erzählen mir die beiden Gäste (die glücklicherweise sehr nett sind) heute auch noch, dass sie 4 Tage mehr Urlaub im Jahr haben als ich und *natürlich* Überstunden abfeiern können. Buhu. Naja, dafür dürfen die bestimmt nicht am Wochenende arbeiten...

Auf der anderen Seite habe ich mich natürlich sehenden Auges für die öffentliche Forschung entschieden und finde die größere Freiheit sowohl in Bezug auf die Auswahl meiner Forschungsthemen, als auch was Veröffentlichungen angeht, unbezahlbar. Ein bisschen mehr Urlaub wäre trotzdem nicht schlecht - ich habe nur 21 Tage.

Wie auch immer, diese Woche wird es hier ziemlich ruhig bleiben. Ihr könnt ja untereinander ein bisschen diskutieren, wenn Ihr wollt. Vielleicht hat der eine oder andere ja eine Meinung zu dieser "Beantwortung" des Theodizee-Problems. Oder zu diesem Aufruf, doch das Volk entscheiden zu lassen, was als Wissenschaft in Schulen gelehrt wird (wenn ich den Autor dieser Zeilen nicht missverstehe). Möglicherweise möchte auch jemand Dr. Blumes Beitrag "Die wissenschaftliche Vernunft zwischen Intelligent Design und Ultra-Darwinismus" kommentieren.

MfG,
JLT

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29 June 2007

Neues zu Michael "The Edge" Behe.

Zwei weitere Kommentare zu Behes neuem Buch sind erschienen, einer bei Dawkins in der New York Times und ein weiterer von Kenneth Miller in Nature [Miller KR (2007). Falling over the edge. Nature 447:1055-1056].
Dawkins Beitrag ist nur für Abonnenten zugänglich, so dass ich ihn nicht lesen konnte. Es gibt aber Ausschnitte daraus, z. B. hier. Der Nature-Artikel ist ebenfalls nicht frei zugänglich, aber über die Arbeit komme ich da natürlich ran.

Hier ein relevanter Ausschnitt:
[...] To Behe, the genetic changes in both parasite and host represent the absolute limit of what darwinian processes can accomplish, and mark the "edge of evolution". [...]
Where does this leave evolutionary explanations of more complex systems? Behe tells us frankly that darwinism cannot account for even a modest share of the complexity of life, and therefore design is absolutely required as an explanation. Yet, at the heart of his anti-darwinian calculus are numbers not merely incorrect, but so spectacularly wrong that this badly designed argument collapses under its own weight.

Behe cites the malaria literature to note that two amino-acid changes in the digestive-vacuole membrane protein PfCRT (at positions 76 and 220) of Plasmodium are required to confer chloroquine resistance. From a report that spontaneous resistance to the drug can be found in roughly 1 parasite in 1020, he asserts that these are the odds of both mutations arising in a single organism, and uses them to make this sweeping assertion:

"On average, for humans to achieve a mutation like this by chance, we would need to wait a hundred million times ten million years. Since that is many times the age of the universe, it's reasonable to conclude the following: No mutation that is of the same complexity as chloroquine resistance in malaria arose by Darwinian evolution in the line leading to humans in the past ten million years."

Behe, incredibly, thinks he has determined the odds of a mutation "of the same complexity" occurring in the human line. He hasn't. What he has actually done is to determine the odds of these two exact mutations occurring simultaneously at precisely the same position in exactly the same gene in a single individual. He then leads his unsuspecting readers to believe that this spurious calculation is a hard and fast statistical barrier to the accumulation of enough variation to drive darwinian evolution.

It would be difficult to imagine a more breathtaking abuse of statistical genetics.

Behe obtains his probabilities by considering each mutation as an independent event, ruling out any role for cumulative selection, and requiring evolution to achieve an exact, predetermined result. Not only are each of these conditions unrealistic, but they do not apply even in the case of his chosen example. First, he overlooks the existence of chloroquine-resistant strains of malaria lacking one of the mutations he claims to be essential (at position 220). This matters, because it shows that there are several mutational routes to effective drug resistance. Second, and more importantly, Behe waves away evidence suggesting that chloroquine resistance may be the result of sequential, not simultaneous, mutations (Science 298, 74–75; 2002), boosted by the so-called ARMD (accelerated resistance to multiple drugs) phenotype, which is itself drug induced.

A mistake of this magnitude anywhere in a book on science is bad enough, but Behe has built his entire thesis on this error. Telling his readers that the production of so much as a single new protein-to-protein binding site is "beyond the edge of evolution", he proclaims darwinian evolution to be a hopeless failure. Apparently he has not followed recent studies exploring the evolution of hormone-receptor complexes by sequential mutations (Science 312, 97–101; 2006), the 'evolvability' of new functions in existing proteins — studies on serum paraxonase (PON1) traced the evolution of several new catalytic functions (Nature Genet. 37, 73–76; 2005) — or the modular evolution of cellular signalling circuitry (Annu. Rev. Biochem. 75, 655–680; 2006). Instead, he tells his readers that there is just one explanation that "encompasses the cellular foundation of life as a whole". That explanation, of course, is intelligent design.
Nett.

Auf Dawkins gibt es schon eine Reaktion des Disco Institutes, wo sich übrigens auch zwei "Antworten" auf Sean Carrolls Buch-Review finden (Part I and Part II). Behe selbst hat auch schon auf einige Kritiken reagiert (die von Coyne, Carroll und Ruse), vielleicht wird er ja zu den neuen Kritiken auch noch was schreiben.

Eine Linkliste zu Reaktionen auf Behes Buch gibt's bei Science After Sunclipse.

MfG,
JLT

[Bild-Quelle: Tom Toles]



UPDATE 02.07.07:
Professor Jerry Coyne addresses Michael Behe's reply to Coyne's review of Behe's new book.

Darin fasst er die Hauptkritikpunkte noch einmal zusammen:

  1. There is no evolutionary expectation that complex protein-protein interactions will evolve in a parasite adapting to a new drug. Any mutation that improves fitness is acceptable, regardless of what it does.
  2. Behe's probability calculations, on which his entire argument rests, are flatly wrong because they assume that adaptation cannot occur one mutation at a time. He uses chloroquine resistance of malaria (CQR) as an example, saying that the parasite always must have two mutations arising together to evolve resistance. As Ken Miller shows, this assumption is false, because one of the two mutations that Behe claims are "required" for CQR is not actually required (Chen et al. 2003, reference accidentally omitted from Miller's piece). It is therefore bogus to take the 1/10e20 number as the estimate of the probability of the evolution of a single binding site for CQR. And it is even more bogus to use this as a generic estimate for the evolutionary probability of getting any protein-protein binding site.
  3. The probability calculations are also wrong because Behe's argument is based on specifying a priori exactly which mutations have to occur to be adaptive: the identical pair of mutations that occur in chloroquine-resistant malaria. He neglects the possibility (indeed, the certainty) that many other mutations that cause interactions between proteins and other molecules can also be adaptive.

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27 June 2007

Wettervorhersage.

Ich weiß, das ist total Off Topic und ich werd's auch nicht so schnell wieder tun - aber ist das [Wettervorhersage für Galway, Ireland; Klicken zum Vergrößern] nicht deprimierend?
Es ist SOMMER, kann das bitte mal jemand den Iren erklären?

MfG,
JLT

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26 June 2007

Oh. Mein. Gott.

Möglicherweise ist das ja ein alter Hut, aber mir war es neu: Es gibt einen YouTube-Klon namens GodTube?! Dort habe ich dieses Video gefunden.



Ich muss eine Warnung aussprechen: Ein untrainierter Betrachter könnte schwere Nebenwirkungen erleiden, beginnend bei Migräne-artigen Kopfschmerzen bis hin zur möglicherweise letalen Gehirnverflüssigung. Und es ist nur ein Video aus einer ganzen Serie!
Selbst ich habe nur zwei geschafft. Und die Kommentare dazu. Es ist schrecklich.

Vielen Dank, lukUHLus*, für diese ernüchternde Erfahrung. Wäre doch nicht nötig gewesen.

JLT


* auf dessen Seite ich eins dieser Videos entdeckte. Inhalt: ein Specht ist zu komplex um durch Evolution entstanden zu sein. Hätte er einfach so angefangen, seinen Kopf gegen Baumstämme zu hämmern, ohne all die anderen Anpassungen, wäre sein Gehirn zu Jelly geworden (eine Erfahrung, die man wie gesagt, nach Sehen dieser Videos nachvollziehen kann) - ist also genauso wie bei der Mausefalle, die funktioniert ja auch nicht, wenn man nur ein Teil wegnimmt...

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Noch ein Grund mehr, Europa zu mögen.

Die britische Regierung hat auf eine Petition der 'Science, Just Science' Campaign ("We the undersigned petition the Prime Minister to prevent the use of creationist and other pseudo-scientific propaganda in Government-funded schools.") reagiert:
The Government is aware that a number of concerns have been raised in the media and elsewhere as to whether creationism and intelligent design have a place in science lessons. The Government is clear that creationism and intelligent design are not part of the science National Curriculum programmes of study and should not be taught as science.
Mehr davon!

MfG,
JLT

[via Evolving Thoughts]

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Well said.


Eigentlich wollte ich ja nebenstehenden Cartoon von Jesus and Mo posten, den ich schon vor einer ganzen Weile runtergeladen habe.

Dann habe ich aber diesen neuen entdeckt. Und jetzt kann ich mich nicht entscheiden.

Ich meine, auf der einen Seite 'At least we're deeply wrong' und auf der anderen Seite 'I was like "Whatever"' als Antwort auf das Theodizee-Problem - wie sollte ich da eine Wahl treffen?

Ah, poste ich eben beide.

MfG,
JLT

P.S.: Es gab noch ein paar Kommentare zu 'Forschung bitte einstellen. Hat eh keinen Zweck', auch Herr Junker hat sich wie versprochen noch mal zu Wort gemeldet.




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